En la ciudad de San Juan de Pasto y sus alrededores, el anterior tipo de empanada, rivaliza en tradición y seguidores con las llamadas empanadas de harina que siguen la costumbre heredada de los españoles de emplear harina de trigo (la cual es muy abundante en la región) para elaborar la masa. Como en el caso anterior, el relleno ideal es un guiso hecho con arroz, arvejas y algún tipo de carne (pollo, cerdo o res).
Su elaboración también requiere cierto grado de destreza manual, toda vez que al momento de cerrarlas, antes de freirlas, se acostumbra unir los dos extremos de la masa con "churos" o "rizos" en forma manual o usando moldes con muescas.
Siguiendo el patrón anterior, en San Juan de Pasto también se elaboran las empanadas de horno, cuya masa de harina es más densa y que como su nombre lo indica son horneadas, no fritas. Aunque son de mayor tamaño que las anteriores, su guiso o relleno sigue las mismas pautas.
Ambos tipos de empanadas se consumen tradicional e idealmente con una taza de café negro caliente (sin crema, ni leche) y según el estrato social irán acompañadas de limón (las de añejo) y azúcar glaseada o espolvoreada (las de harina). En todo caso, se sirven acompañadas de ají que se aplica a manera de salsa.


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